Jeżeli chcemy aby plik .htaccess był widoczny w liście plików należy ustawić odpowiednie opcje. Domyślne ustawienia w eksploratorze plików usuwają pliki które Eclipse nazywa źródłowymi. W widoku PHP należy wybrać strzałkę w belce eksploratora, wejść w filters i odznaczyć z listy .*resources. W widoku Remote System należy również wybrać strzałkę, wejść w Preferences -> Remote System -> Files i zaznaczyć opcję Show hidden files.

Od tej pory w widoku PHP oraz Remote System plik .htaccess będzie widoczny.